Interroger un fichier plat pour alimenter la base de données avec les Foreign Data Wrapper

Intégrer la dernière version de TAXREF à la base de données grace aux "Foreign Data Wrapper"

  • Mise à jour du 6 novembre 2018 pour conformité avec TAXREF v12 (changement de nom du fichier source :-) )
  • Mise à jour du 19 janvier 2018 pour conformité avec TAXREF v11
  • Mise à jour du 28 juin 2017 avec ajout des colonnes sa & ta (TAXREF v10)
  • Mise à jour du 4 juillet 2016 avec ajout de la colonne cd_sup (TAXREF v9)

Téléchargement de taxref :

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Premier test - enfin - de Time Manager

1er test de l'extension Time Manager de QGIS pour montrer la progression de notre connaissance du territoire.

En rouge les données d'espèces animales en vert les données d'espèces végétales.

A reproduire avec nos données de maîtrise foncière et d'usage, et à l'échelle du Réseau des CEN !

Et voilà pour la gestion (maîtrise foncière et d'usage) : Les propriétés en rouge et les "conventions" en vert

Import de données dans SICEN

Intégrer des données externes à notre propre base de données peut se révéler fastidieux. pour faciliter la chose, nous allons créer une table qui décrit pour chaque table de données à intégrer, la liste des champs à y ajouter pour pouvoir ensuite les intégrer à sicen. Nous décrirons dans cette table comment le champ "sicen" doit être généré à partir des colonnes de la table à intégrer.

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Evolution des outils de collecte de données utilisés au CEN

L'édition 2018 de la réunion "Carnets de terrain électroniques" du CNRS a été l'occasion de revenir sur 12 années d'alimentation de notre base de données PostGIS par divers outils.
Le programme de la réunion : http://rbdd.cnrs.fr/spip.php?article270
La présentation :

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Un peu d'expressions régulières et de manipulation de fichier texte

Une collègue a réalisé une symbologie catégorisée en utilisant un code couleur contenu dans un champ de la table.

Le souci est que QGIS ne sait pas encore faire les légendes qui vont bien pour cette sylmbologie, et, s'il affiche correctement ls données sur la carte, il conserve dans la légende les couleurs aléatoires.

La seule solution que j'ai trouvé consiste à créer un fichier de style et à la modifier à l'aide d'un éditeur de texte qui comprend les expressions régulières (jedit our moi mais aussi notepad++ ou d'autres).

QGIS 2.18 : saisir sur une vue PostgreSQL

Avec l'arrivée de QGIS 2.18 j'ai été confronté à ceci :
http://osgeo-org.1560.x6.nabble.com/QGIS-Developer-REGRESSION-Error-inserting-in-a-PostGIS-view-td5320202.html

Ce problème est remonté par QGIS avec le message d'erreur suivant :
ERROR: cannot perform INSERT RETURNING on relation xxx
HINT: You need an unconditional ON INSERT DO INSTEAD rule with a RETURNING clause.

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QGIS : Sélectionner les objets à une certaine distance d'un autre

Un collègue bien embarrassé nous a posé la question suivante : comment sélectionner tous les points d'une couche A qui se trouvent à moins de 4km d'une autoroute.

Le postulat de départ est que nous travaillons sur des fichiers shp (donc on oublie tout de suite la requête sql et l'opérateur st_dwithin() )

Nous avons tous répondu "tu crées un tampon de 4km de rayon autour de l'autoroute puis tu fais une recherche par localisation de tous les objets de la couche de points qui intersectent le tampon créé".

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Présentation de la solution GeoODK et de sa mise en oeuvre dans les CEN au "réseau BDD" du CNRS

Présentation réalisée et enregistrée dans le cadre du séminaire « Système d’information embarqué, cahier/carnet de terrain et de laboratoire électronique : quelles interactions avec les bases de données ? »

le Mercredi 05 octobre 2016 à Paris - Jussieu (amphi Charpak).

Cliquez sur l'image ci-dessous pour accéder à la vidéo.

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Atelier UICN : les TIC au service de la conservation de la biodiversité

Les démarches présentées sont généralisables et répétables.

La première présentation  concerne des cas d'utilisation d'outils de "reporting" qui croisent connaissance naturaliste et données foncière, pour informer un acquéreur ou un vendeur sur les enjeux connus sur les parcelles concernées ou plus classiquement pour informer un propriétaire de l'intérêt patrimonial de sa propriété :

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Photographies anciennes de l'IGN - consolidation des PVA dans une table PostGIS

Consolidation par région des geojson générés par cquest dans une table postgis (lambert 93)

-> https://github.com/cquest/photos-aeriennes-ign/tree/master/data/pva
-> http://georezo.net/forum/viewtopic.php?pid=279360#p279360

Les dumps contiennent une table PostGIS ayant la structure suivante :

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Faire un atlas carto avec QGIS, sans géométrie dans la couche de couverture

Suite aux discussions des journées utilisateurs de QGIS des 10 et 11 décembre. J'ai testé l'utilisation d'une table atributaire comme couche de couverture. Et ça fonctionne !

Je ne sais pas si c'était le cas sur les versions précédentes mais ça fonctionne sur la 2.12. Ma table ne contient que deux colonnes cd_ref et lb_nom.

On utilisera les règles de symbologie pour n'afficher que les données correspondant au cd_ref courant :

 "cd_ref"  = attribute(@atlas_feature ,'cd_ref')

QGIS rocks !

QGIS comme outil de reporting

Voici la présentation faite à l'occasion du séminaire utilisateur de QGIS des 10 et 11 décembre dernier.

Elle a été réalisée avec Inkscape et SOZI.  Utilisez les boutons de la souris ou les flèches de votre clavier pour avancer/reculer. La molette ou les signes +/- pour zoomer/dézoomer.

http://si.cenlr.org/sites/www.cenlr.org/files/users/webmestre/qgis_et_reporting/qgis_reporting_carto_chemin.svg

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Le réseau des CEN mécène du séminaire francophone 2015 des utilisateurs de QGIS

Les Cen sont de gros utilisateurs de logiciels libres, notamment dans leurs SIG avec Qgis et PostgreSQL/PostGIS.

Ces outils nous facilite grandement la gestion et l'exploitation de nos données pour l'exercice de nos missions de conservation des especes naturels.

Cette première initiative du réseau est donc un premier, "petit" mais juste, retour vers la communauté.

SiCen Mobile : utilisation de formulaires ODK pour alimenter notre base de données d'observations

Cette page est le résultat d'un travail mené en commun, en mars 2015 par 4 géomaticiens et informaticiens des CEN Rhône-Alpes (Rémy Clément, Guillaume Costes et Laurent Poulin) et Languedoc-Roussillon (Mathieu Bossaert)

Elle a été actualisée le 17 mai 2018.

OpenDataKit est une suite d'outils libres dédiée à la collecte de données sur terminaux mobiles Androïd.

D'une relative simplicité de mise en oeuvre, la solution permet facilement de décrire et créer des formulaires correspondant à nos besoins. Une fois les données récupérées, il est simple de les intégrer à notre base de données en place.

Nous allons donc passer en revue l'installation des outils de la suite, la définition du formulaire avec XLSForm, et la ventilation des données récoltées dans notre base de données "métier", SiCen.

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Validation automatique de donnees

Chaque donnée intégrée à la base de données de l'atlas doit être examinée (validée / invalidée). Afin de faciliter le travail de validation, les fonctions présentées ici, permettent de passer chaque donnée saisie au crible des connaissances actuelles sur l'espèce, issues de la base de données.

Chaque taxon a tout d'abord été « caractérisé » selon les connaissances actuelles mobilisables dans la base de données (données validées).

Pour chaque espèce ont donc été calculées les références suivantes :

TP PostGis Raster

Opérateurs, fonctions et requêtes spatiales

Introduction

Le support des données matricielles (raster) est une « nouveauté » de PostGIS 2.

A chaque pixel de la grille est associée une valeur (altitude, température, densité de population, type d'occupation du sol, perméabilité...). Cette valeur est stockée dans une bande.
PostGIS permet d'associer plusieurs bandes à un raster. On peut par exemple disposer d'un raster de températures mensuelles moyennes qui contient une bande par mois de l'année.

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Envoyer des mails depuis la base de données

Dans le cadre d'un projet de collecte de données en ligne, nous souhaitions mettre en place depuis longtemps un système d'envoi de mail qui prévient à intervalle régulier les contributeurs, que leurs données ont été examinnée par un "expert" et qu'elles posent question.

L'idée générale était de mettre en place un trigger qui se déclenche aprés chaque modification du statut de validation d'une observation mais cela peut générer beaucoup de messages en cas de "validation" par lot.

Une vue sollicitée à intervalle régulier par une tâche cron sera donc plus appropriée.

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Lister les fichiers lourds modifiés au cours des dernières 24 heures

Pour diverses raisons, on se souci de moins en moins de la taille des fichiers que nous produisons (diaporama de plus de 100 Mo, rapports d'un poids similaire).

Cependant, si ce comportement se généralise au sein de l'équipe, la capacité de stockage de notre serveur de fichiers et sa sauvegarde sont rapidement malmenées.

Afin surveiller un peu cela, et pour pouvoir "harceler" un peu les collègues concernés, nous avons mis en place un petit script shell qui utilise les commandes find, ls et awk

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Limiter les propositions d'une liste relationnelle selon l'emprise de la carte

J'utilise depuis Qgis 1.8 les possibilités de personnalisation du formulaire de renseignement des attributs.

Une nouveauté (une autre!) a fait son apparition avec la sortie de QGis 2, c'est la possibilité d'utiliser des couples clé/valeur stockés dans une table de la base de données.

J'aimerai aller un peu plus loin et appliquer un "filtre d'expression", consistant à ne proposer dans la liste déroulante que les couples clé/valeur des objets présents dans l'emprise courante de ma carte.

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Améliorer les recherches de similarité sur le résultat d'une fonction

Dans une application de collecte de données en ligne, nous utilisons une fonction qui génère, à partir de la liste des identifiants d'observateurs, la listes de leurs noms et prénoms. Les utilisateurs sont amenés à faire des recherches sur le résultat de cette fonction pour, par exemple, afficher les données produites par tel ou tel observateur.

La requête ci-dessous met environ 20 secondes à renvoyer un résultat :

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