Atelier UICN : les TIC au service de la conservation de la biodiversité

Les démarches présentées sont généralisables et répétables. La première présentation  concerne des cas d'utilisation d'outils de "reporting" qui croisent connaissance naturaliste et données foncière, pour informer un acquéreur ou un vendeur sur les enjeux connus sur les parcelles concernées ou plus classiquement pour informer un propriétaire de l'intérêt patrimonial de sa propriété : http://si.cenlr.org/sites/si.cenlr.org/files/UICN/qgis_reporting_carto_chemin.svg

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Photographies anciennes de l'IGN - consolidation des PVA dans une table PostGIS

Consolidation par région des geojson générés par cquest dans une table postgis (lambert 93) -> https://github.com/cquest/photos-aeriennes-ign/tree/master/data/pva -> http://georezo.net/forum/viewtopic.php?pid=279360#p279360 Les dumps contiennent une table PostGIS ayant la structure suivante :

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Comparer deux versions d'une observation dans la base de données

  Cette fonction permet la comparaison deux versions d'une observation. Elle exploite la table saisie.suivi_saisie_observation avec les fonctions windows : http://docs.postgresql.fr/9.2/functions-window.html   La table saisie.suivi_saisie_observation est créée sur le même modèle que la table audit de la documentation plpgsql :
  • http://docs.postgresql.fr/9.1/plpgsql-trigger.html#plpgsql-trigger-audit-example

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Faire un atlas carto avec QGIS, sans géométrie dans la couche de couverture

Suite aux discussions des journées utilisateurs de QGIS des 10 et 11 décembre. J'ai testé l'utilisation d'une table atributaire comme couche de couverture. Et ça fonctionne ! Je ne sais pas si c'était le cas sur les versions précédentes mais ça fonctionne sur la 2.12. Ma table ne contient que deux colonnes cd_ref et lb_nom. On utilisera les règles de symbologie pour n'afficher que les données correspondant au cd_ref courant :  "cd_ref"  = attribute(@atlas_feature ,'cd_ref') QGIS rocks !

QGIS comme outil de reporting

Voici la présentation faite à l'occasion du séminaire utilisateur de QGIS des 10 et 11 décembre dernier. Elle a été réalisée avec Inkscape et SOZI.  Utilisez les boutons de la souris ou les flèches de votre clavier pour avancer/reculer. La molette ou les signes +/- pour zoomer/dézoomer. http://si.cenlr.org/sites/www.cenlr.org/files/users/webmestre/qgis_et_reporting/qgis_reporting_carto_chemin.svg

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Le réseau des CEN mécène du séminaire francophone 2015 des utilisateurs de QGIS

Les Cen sont de gros utilisateurs de logiciels libres, notamment dans leurs SIG avec Qgis et PostgreSQL/PostGIS. Ces outils nous facilite grandement la gestion et l'exploitation de nos données pour l'exercice de nos missions de conservation des especes naturels. Cette première initiative du réseau est donc un premier, "petit" mais juste, retour vers la communauté.

SiCen Mobile : utilisation de formulaires ODK pour alimenter notre base de données d'observations

Cette page est le résultat d'un travail mené en commun, en mars 2015 par 4 géomaticiens et informaticiens des CEN Rhône-Alpes (Rémy Clément, Guillaume Costes et Laurent Poulin) et Languedoc-Roussillon (Mathieu Bossaert) Elle a été actualisée le 17 mai 2018. OpenDataKit est une suite d'outils libres dédiée à la collecte de données sur terminaux mobiles Androïd.

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Validation automatique de donnees

Chaque donnée intégrée à la base de données de l'atlas doit être examinée (validée / invalidée). Afin de faciliter le travail de validation, les fonctions présentées ici, permettent de passer chaque donnée saisie au crible des connaissances actuelles sur l'espèce, issues de la base de données. Chaque taxon a tout d'abord été « caractérisé » selon les connaissances actuelles mobilisables dans la base de données (données validées). Pour chaque espèce ont donc été calculées les références suivantes :
  • liste des communes

TP PostGis Raster

Opérateurs, fonctions et requêtes spatiales Introduction Le support des données matricielles (raster) est une « nouveauté » de PostGIS 2. A chaque pixel de la grille est associée une valeur (altitude, température, densité de population, type d'occupation du sol, perméabilité...). Cette valeur est stockée dans une bande. PostGIS permet d'associer plusieurs bandes à un raster. On peut par exemple disposer d'un raster de températures mensuelles moyennes qui contient une bande par mois de l'année.

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Envoyer des mails depuis la base de données

Dans le cadre d'un projet de collecte de données en ligne, nous souhaitions mettre en place depuis longtemps un système d'envoi de mail qui prévient à intervalle régulier les contributeurs, que leurs données ont été examinnée par un "expert" et qu'elles posent question. L'idée générale était de mettre en place un trigger qui se déclenche aprés chaque modification du statut de validation d'une observation mais cela peut générer beaucoup de messages en cas de "validation" par lot. Une vue sollicitée à intervalle régulier par une tâche cron sera donc plus appropriée.

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Lister les fichiers lourds modifiés au cours des dernières 24 heures

Pour diverses raisons, on se souci de moins en moins de la taille des fichiers que nous produisons (diaporama de plus de 100 Mo, rapports d'un poids similaire). Cependant, si ce comportement se généralise au sein de l'équipe, la capacité de stockage de notre serveur de fichiers et sa sauvegarde sont rapidement malmenées. Afin surveiller un peu cela, et pour pouvoir "harceler" un peu les collègues concernés, nous avons mis en place un petit script shell qui utilise les commandes find, ls et awk Lancé toutes les nuits, il génère un petit fichier de log avec les fichiers répondant au critère :

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Adhésion du CEN LR au nouveau protocole du SINP

Le nouveau protocole national et la charte régionale du SINP ont été discutés, partagés et adoptés en concertation au printemps 2013. Ces deux documents précisent les modalités de la publication et de la circulation des données naturalistes. Ils en précisent aussi le droit d'accès pour chacun des grands types d'acteurs (autorité publique, gestionnaires d'espaces naturels, chercheurs, grand public, bureaux d'études). Ainsi les gestionnaires d'espaces naturels peuvent prétendre à l'accès aux données du SINP les plus précises possibles pour l'accomplissement de ses missions.

Limiter les propositions d'une liste relationnelle selon l'emprise de la carte

J'utilise depuis Qgis 1.8 les possibilités de personnalisation du formulaire de renseignement des attributs. Une nouveauté (une autre!) a fait son apparition avec la sortie de QGis 2, c'est la possibilité d'utiliser des couples clé/valeur stockés dans une table de la base de données. J'aimerai aller un peu plus loin et appliquer un "filtre d'expression", consistant à ne proposer dans la liste déroulante que les couples clé/valeur des objets présents dans l'emprise courante de ma carte.

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Améliorer les recherches de similarité sur le résultat d'une fonction

Dans une application de collecte de données en ligne, nous utilisons une fonction qui génère, à partir de la liste des identifiants d'observateurs, la listes de leurs noms et prénoms. Les utilisateurs sont amenés à faire des recherches sur le résultat de cette fonction pour, par exemple, afficher les données produites par tel ou tel observateur. La requête ci-dessous met environ 20 secondes à renvoyer un résultat :

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Renseigner automatiquement l'altitude d'un point

L'outil de saisie des données naturaliste est enfin motorisé par les dernières version de PostgreSQL (9.2) et de Postgis (2.0). Nous allons utiliser les trigger de PostgreSQL et la capacité de PostGIS 2 à gérer les données raster pour renseigner automatiquement l'altitude des données ponctuelles renseignées dans l'interface.

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Analyse par maille

Connaitre le nombre d'observation par commune Voici comment arriver à un résultat qu'on recherche souvent avec QGis. Je dispose d'un maillage de mon territoire (maille régulière ou non) et d'une couche d'observation. J'aimerai savoir pour chaque maille, le nombre d'observation qu'elle contient. L'exemple qui suit est inspiré de cet article : http://datagistips.blogspot.fr/2012/04/le-carroyage-avec-qgis-et-le-plugin.html Données sources
  • les communes de l'Hérault
  • Une couche d'observation
Lancement du plugin QMarxan Paramétrage du plugin

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Comment suivre l'effort de saisie ?

Les données naturalistes que nous collectons sont consolidées dans le SIG à traveur une interface web de saisie. Une table de la base de données (saisie.suivi_saisie_observation) recence toutes les opérations d'insertion, de modification ou de suppression de ces donénes. Nous allons interroger cette table pour calculer la somme mensuelle des données saisie via l'interface ainsi que la somme cumulée depuis sa mise en place en aout 2010.

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PostGIS 2 : Altitude moyenne des communes de l'Hérault

Comment calculer l'altitude moyenne des communes héraultaises ? Données utilisées
  • l'altitude mondiale fournie par WorldClim : http://biogeo.ucdavis.edu/data/climate/worldclim/1_4/grid/cur/alt_30s_bil.zip
  • la couche vecteur des communes de l'IGN (geofla) : http://professionnels.ign.fr/geofla
Outils utilisés Quantum Gis et GdalTools →pour le découpage du ratser mondial :

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Export automatique des données de l'atlas, par structure

Objectif mettre à disposition de chaque structure productrice de données dans la base de données :
  • un export des données qui lui sont attribuées
  • à intervalle régulier
  • en l'informant par mail de la mise à jour.
#On se rend dans le répertoire où seront mises à disposition les données cd /chemin/vers/le/repertoire/de/donnees/ #Export des données concernées en shp

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Interroger un fichier plat pour alimenter la base de données avec les Foreign Data Wrapper

Intégrer la dernière version de TAXREF à la base de données grace aux "Foreign Data Wrapper"
  • Mise à jour du 6 novembre 2018 pour conformité avec TAXREF v12 (changement de nom du fichier source :-) )
  • Mise à jour du 19 janvier 2018 pour conformité avec TAXREF v11
  • Mise à jour du 28 juin 2017 avec ajout des colonnes sa & ta (TAXREF v10)
  • Mise à jour du 4 juillet 2016 avec ajout de la colonne cd_sup (TAXREF v9)
Téléchargement de taxref :

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Lister les types enum d'une base de données

Comment lister les tyopes enum utilisé dans ma base de données, dans quel schéma sont-ils définis et qsuelles sont les valeurs de leurs différenst éléments ? Avec PostgreSQL 9.x : SELECT nspname AS schema, typname AS nom , string_agg(enumlabel::text, ', '::text) AS definition FROM pg_enum JOIN pg_type ON enumtypid = pg_type.oid JOIN pg_namespace ON pg_type.typnamespace = pg_namespace.oid WHERE typcategory = 'E' GROUP BY nspname, typname ORDER BY 1,2 Avec PostgreSQL 8.5 :

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St_value() et géometries nulles

En voulant mettre à jour des données d'altitude d'une distribution de points, nous avons rencontré une erreur : La requête suivante : UPDATE export.tous_point_espece_selon_format_esri SET pente_mnt = ST_VALUE(rast, geometrie, true) FROM raster.pente_mnt30 WHERE code_insee LIKE '30%' AND st_intersects(geometrie, rast) retournait ceci : ERREUR: syntaxe en entrée invalide pour l'entier : « NaN »

Faciliter l'export des données et en garder la trace

Les demandes de données sont fréquentes et il est intéressant d'une part, de se faciliter la vie, et d'autre part de garder une trace de ces exports afin de valoriser le travail réalisé par les naturalistes et de les tenir informés de l'utilisation qui est faite de leurs données. On créer pour cela deux tables :
  • une destinée à recueillir l'emprise des zones sur lesquelles des demandes de données sont réalisées
CREATE TABLE export.zone_export_donnee (

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